Thành phố Copán có từ thời tiền Colombo nằm ở cực tây Honduras, tại khu Copán gần biên giới với Guatemala. Đây là một thành phố chính của người Maya đã phát triển rực rỡ thời cổ đại (150-900 CN). Thành phố có nhiều bia và văn bản khắc đẹp. Vương quốc Xukpi cổ, đã phát triển thịnh vượng từ thế kỷ thứ V Công nguyên tới đầu thế kỷ thứ IX, tiền thân của vương quốc này có niên đại từ ít nhất thế kỷ thứ II Công Nguyên. Nền văn minh Maya đã thay đổi vào thế kỷ thứ IX, họ ngừng viết các văn bản tại Copan, nhưng có bằng chứng cho thấy người dân vẫn còn sinh sống trong và xung quanh thành phố cho tới ít nhất năm 1200. Khi người Tây Ban Nha tới Honduras, thành phố từng một thời thịnh vượng Copán đã bị rừng già xâm chiếm.

Trong chuyến đi thứ tư, cũng là chuyến đi cuối cùng đến Thế giới mới của mình, Christopher Columbus đã tới bờ biển Honduras năm 1502, và đổ bộ gần thị trấn Trujillo ngày nay, tại một nơi nào đó gần Phá Guaimoreto. Sau khi được người Tây Ban Nha khám phá, Honduras trở thành một phần của đế chế Tây Ban Nha rộng lớn tại Thế giới Mới bên trong Vương quốc Guatemala. Người Tây Ban Nha cai trị Honduras trong gần ba thế kỷ.

Honduras tuyên bố độc lập khỏi Tây Ban Nha ngày 15 tháng 9 năm 1821 cùng với các tỉnh còn lại của Trung Mỹ. Năm 1822 Quốc gia Trung Mỹ được sáp nhập vào Đế chế Mexico mới được thành lập của Iturbide. Đế chế Iturbide bị lật đổ năm 1823 và Trung Mỹ tách khỏi nó, thành lập nên Liên bang các Tỉnh Thống nhất, liên bang này giải tán năm 1838. Các bang quả Liên bang trở thành các quốc gia độc lập.

Sau vụ tấn công Trân Châu Cảng, Honduras gia nhập Đồng Minh ngày 8 tháng 12 năm 1941. Chưa tới một tháng sau, ngày đầu tiên năm 1942, Honduras, cùng với 25 chính phủ khác ký kết Tuyên bố của Liên minh Quốc gia

Cái gọi là Chiến tranh Bóng đá năm 1969 nổ ra với El Salvador. Sau khi Oswaldo López Arellano, tổng thống trước kia của Honduras, cho rằng nền kinh tế yếu kém của nước này có nguyên nhân từ số lượng người nhập cư quá đông đảo từ El Salvador, giữa hai nước luôn có sự căng thẳng. Từ thời điểm đó, quan hệ giữa El Salvador và Honduras không được cải thiện. Nó xấu đi khi El Salvador gặp Honduras ở một trận đấu vòng ba World Cup. Căng thẳng gia tăng, và vào ngày 14 tháng 7 năm 1969, quân đội Salvador tung ra cuộc tấn công vào Honduras. Tổ chức các Quốc gia châu Mỹ đã đàm phán một ngừng bắn bắt đầu có hiệu lực ngày 20 tháng 7, và quân đội Salvador rút quân vào đầu tháng 8. Cuộc chiến kéo dài chỉ khoảng 100 tiếng đồng hồ và dẫn tới cuộc chạy đua vũ trang giữa hai nước.

Trong thập kỷ 1980, Hoa Kỳ đã thiết lập sự hiện diện quân sự tại Honduras với mục tiêu ủng hộ lực lượng chống Sandinista Contras chiến đấu chống chính phủ Nicaragua và hỗ trợ các cuộc tấn công quân sự của El Salvador chống lực lượng du kích FMLN. Dù không bị ảnh hưởng bởi những cuộc nội chiến đẫm máu đang tàn phá đất nước láng giềng, quân đội Hondura vẫn tiến hành các chiến dịch bí mật chống lại những người cánh tả.

Bão Fifí đã gây ra thiệt hại to lớn khi tràn vào bờ biển phía bắc Honduras ngày 18 và 19 tháng 9 năm 1974. Nhiều năm sau, Bão Mitch đã tàn phá và làm suy yếu hệ thống kinh tế Honduras năm 1998.